(1)自毒作用：
某些作物可通过地上部淋溶、根系分泌和作物残茬腐解等途径释放一些化感物质，对同茬或下茬同种或同科作物生长发育产生抑制作用，这种现象叫做自毒作用。多年连作，势必引起自毒作用越来越明显，连作障碍就会出现，连作时间越长，障碍越严重。
（2）土壤有益微生物减少
由于重茬种植形成了特殊的土壤环境，使得一些有益微生物的生长繁殖收到抑制，而适应环境的有害微生物大量滋生，土壤的微生物区系发生变化，形成了近年来的“用药不治病”的现象。
（3）土壤性质变差
在片面地追求高产的诱惑下，大量施入高含量的化学肥料和未经腐熟的动物粪便、人粪尿等，导致土壤中盐分过量。因为这些盐分不能被充分淋溶，所以大量积聚在土壤耕层中，就产生了土壤次生盐渍化、酸化或板结，从而降低了PH值，影响了土壤养分的有效性，引发生理性病害。
（4）线虫
它是作物寄生虫，有趋利性，喜欢湿热的酸性土壤，主要破坏作物的根系，影响作物的正常生长，重茬种植也使得线虫危害大面积爆发。