1、最严重的bug：即使没开金，三周目通关，黑白三龙(尤其是酋雷姆)、xy神、骑拉帝纳、土地云灵兽转换等的有一定概率会消失问题
2、部分神兽性格bug：超梦、卡璞一家等
3、一周目和三周目都选搭档皮卡丘，皮卡丘携带一个道具，查看会卡死(都选搭档伊布不知道会不会)
4、二周目流星瀑布明雷对战大狼犬，mega手环会拿不回来
5、不管是丰缘还是神奥地区，城市和道路之间的不转化背景音乐
6、紫堇市火箭队基地的伊布获得地点显示名称错误
7、黑金市上面，天冠山左边入口处的npc精灵显示错误
8、晴天有时会出现乱码
9、二周目华蓝洞穴对战火箭队cpu的瓦斯弹贴图错误
10、彩虹火箭队火岩队解出锁定期头目双打对战贴图错误
11、奈克洛兹玛z进化，贴图不可见
12、钢铁岛房子内下面可穿墙
13、黑莲一周目在卡那兹市出现(不知道是不是bug)，三周目神奥也有黑莲
14、敏捷虫通讯进化有一定概率会消失
15、z多面体分解超过100%bug
16、通关后女主角不能在未白镇玩卡带
17、黑金市挖化石越挖屏幕越黑
18、击败阿尔宙斯强制收捕，查看其携带道具也会卡死
19、二周目后，领航员中部分丰缘馆主显示可对战，实际上有些馆主无法进入对战
20、火岩队基地打败炎山学习V热焰会乱码卡死
21、无极汰那极巨炮连续使用贴图bug
22、绿荫镇对战帐篷对战时黑屏
23、忍者之乡、神奥伙伴公园有些树可以穿过部分
24、流星瀑布秘密琥珀拿过后，会重新出现
25、橙华森林拿mega石左边那，探宝器有反应，却捡不到物品
26、伽勒尔大葱鸭与葱游兵携带大葱有bug
27、通讯交换时贴图bug
28、精神转移技能bug
29、112号道路左上角路标不显示
30、光之黏土对光墙显示只有五回合
31、黑金市山洞内水面上边陆地有个精灵球道具拿不到
32、冰砌鹅无法遗传腹鼓和冰柱坠击
33、潮湿岩石让大嘴鸥携带，降雨特性时长还是显示五回合
34、究极洞给毒贝比的npc，若没对话，先进入其它究极洞，之后npc会消失
35、技能机器75只能在锦标赛买得到(不知道是不是bug)
36、枪之柱究极洞再次进入会被对话退回
37、帷幕市百货商场三楼买东西有时会卡死
38、索罗亚克在首位时，升级界面精灵名称显示错误，技能pp出现bug
39、多个npc教学点技能框会有技能重复
40、在二周目最后彩虹火箭队主角被击败后的地方名称、贴图显示错误