教育部学科评估针对的是现状，所有学校先报名（只要学校开设有这个专业都可以报名，当然也可以选择不报名，不报名就不参与评估），然后教育部依照一个统一的衡量标准（比如院士人数、国家三大奖、基金数量等）来评分，根据分数列出几等。教育部学科评估遵循令缺勿滥的原则，严格控制A+的数量，有些专业甚至没有A，A-。
而双一流是建设目标，就是说国家觉得你这个学校需要发展这个学科而且有一定的基础，就给你个机会。
教育部学科评估中，能拿到A+的学校屈指可数，但是同样一个学科，双一流的学校会很多。国家会觉得很多学校都需要建设，需要广泛推进，因此就设置很多双一流学科的高校。
因此，评价一个学校的某个专业或者学校的综合水平，应当以教育部学科评估结果为主，因为这个是国家统一标准。