鸡群坏死性肠炎在发病的过程中，会伴随着料量下降、出现“西红柿”状粪便、肠黏膜受损甚至脱落。首先要修复肠道，对症治疗。减少产气荚膜梭菌大量增殖机会，建议使用球虫疫苗预防球虫爆发。其次定期添加酸溜溜酸化剂饮水改善饲粮和鸡胃肠道。筛选合适高效药物进行治疗，如地美硝唑和阿莫西林，并使用西力美联合用药，增强抗菌效果，使用完抗菌药物后，添加老三届等有益菌进行有益菌补充，修复肠黏膜，改善肠道菌群平衡。
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