转基因食品虽然是生物科技进步的象征，但安全性只是理论上的，在实践中有很多问题：
(1)对环境的污染：无论是人类 m还是转基因生物只是万物生灵中的一员，其本身的生存都需受到生物圈万物及其无机环境的漫长选择，而这些生物还只是人类在实验室中按照人们的意愿把一种生物的基因强加于另一种生物创造出来的生物新类型，其生活力、适应力、安全性只有在它融合生物圈中经过漫长的自然选择才能显现。现在没问题不代表之后没问题，就如1995年，加拿大首次商业化种植了通过基因工程改造的转基因油菜。但在种植后的几年里，在加拿大的油菜地里发现了个别油菜植株可以抗1~3种除草剂，进而有人称此为“超级杂草”。后经调查了解到，产生这种油菜植株的原因，是由于农民在收获转基因油菜种子时部分遗落到田间，第二年再种新的油菜品种时，原来的种子发芽成熟后与新的品种之间发生基因漂移所致。对鱼类插入外来生长激素后有鱼类逃逸的现象，对该生态系统有巨大影响！
(2)意外的副作用：①1999年5月20日的《自然》杂志报导：帝王蝶的幼虫在吃了某种转基因玉米的花粉沾染过的牛奶草叶子后，近一半的个体死亡，幸存的也不能正常发育，有可能导致该物种的绝灭，我们难道还要重道恐龙绝迹的覆辙吗？②1997年德国农民种植转基因玉米Bt-176，玉米长势喜人，毫无虫害；2001年他用该玉米喂母牛，牛开始剧烈腹泻以致70多头牛死亡，这难道不是：偷鸡不成蚀把米吗？③据中央电视台报道，某种转基因粮食使男性精子成活率下降至50%，严重影响了民族的繁荣昌盛。④已发现一种转基因大豆人食之后会引起严重的过敏反应…….，转基因生物、食品的危害性事例不胜枚举，希望大家慎重食用，少食或不食。
(3)基因插入位置不确定：我们现在的技术做不到精准的基因插入（哪怕是CRISPR也不行！）。所以目的基因插在哪里谁都不知道，也正因此科学家通常一次插入数个以保成功。这些基因如果是增强表达的，他可能插入某些产生对人体有害物质的基因上；如果是抑制表达的，则可能把对产生对人体有益物质的基因抑制了；而如果是产物，它也有可能插入某些增强子后，或表达基因内部使之无效，甚至可能使目的产物的前mrna带上被破坏的基因的后面一部分而产生不可知后果;如果在空白位置，由于目的基因前后基因序列不确定或者是说随机的，也会是以上的结果！
(4)基因可能会影响我们：2020年8月17日，南京大学生命学院张辰宇教授团队在 Cell Research 杂志发表了题为：SIDT1-dependent absorption in the stomach mediates host uptake of dietary and orally administered microRNAs 的研究论文。发现哺乳动物胃中的SIDT1蛋白介导食物miRNA的吸收，阐明了食物中miRNA被胃吸收的分子机制。这一发现可以说是结束了十年科学争论，为miRNA跨界调控再添力证。