人体摄入脂肪（主要是甘油三酯）后，在肠道酯酶的作用下水解成sn-2甘油单酯，其在肠黏膜非流动层与两分子脂肪酸合成甘油三酯，再经淋巴进入血液循环。而1,3-甘油二酯sn-2位无脂肪酸，从而降低了甘油三酯的吸收与合成，继而降低血液甘油三酯的浓度。
甘油二酯是甘油三酯中一个脂肪酸被羟基取代的结构脂质，主要是通过抑制甘油三酯在体内蓄积，并消耗身体内多余脂肪。
甘油二酯作为天然植物油脂的微量成分及体内脂肪代谢的内源中间产物，在肠道中的消化和代谢途径与甘油三酯也明显不同。甘油二酯会在肠道内消化成单苷酯，之后会继续分解为脂肪酸，不再进行重新合成，并且转化成能量。因此甘油二酯在经过人体的消化吸收之后不会在体内积累脂肪。此外，长期食用甘油二酯油还会帮助我们“炸除”脂肪，富含中链脂肪酸的甘油二酯可有效地刺激白色脂肪组织中的脂肪分解和褐色脂肪组织产热，帮助我们更快的燃烧卡路里。甘油二酯还通过增强肠β-氧化相关酶活性和上调脂代谢相关基因表达，从而使脂肪积聚减少。因此， 用甘油二酯油来代替传统食用油（甘油三酯），可以解决很多由后者可能带来的健康隐患，如高血脂，糖尿病等慢性疾病。