1、入学考试不同：自考没有入学考试，函授本科需要参加成人高考（入学考试）；
2、毕业证不同：自考毕业证上面加盖省自考委印章和主考院校印章（双章），函授本科毕业证书上面只加盖毕业学校的章（单章）；
3、学制不同：自考没有学制限制，比较灵活，什么时候通过课程考试，什么时候就可以申请毕业，而函授本科学制一般是2-3年；
4、获得学位的条件不同：自考只要通过全部的课程考试（包括英语课程），就可以申请毕业。而函授本科还需要通过全国成人学士学位英语考试，才可以申请毕业，否则无资格申请学士学位的；
5、学籍转移不同。函授本科就读的学校是固定的，一般不能转移学籍，而可以在本省考，也可以在外省考，还可以在第三地考；如果在外省期间能把自考本科课程考完，就可以直接申请自考本科毕业证，如果没考完，还可以把自考考籍转回本省或其他考生将要去的省区继续考试，直到考完课程，拿到毕业证。转移前的课程成绩一直有效。

含金量：
从学习本质上讲，函授、自学考试和普通高考一样，都是选拔人才的国家考试，只是由于本身的学习特征需要，才在学习形式等环节上有所差别，进行了一定区分。 函授本科学历和自考本科学历都是国家承认的学历，在学信网都是终身可查的，考研、考公务员、出国留学、评职称都是可以的。但如果非要在其中比个高低的话，应该说，最难考的含金量最高。有些人就认为自考的证书含金量是最高的，其实也不见得，试想，如果你成教上的是北大、清华、人大等名校，其证书的含金量，不会比一般的普通普高差。
总之，谁好，谁不好，都是要根据自己的个人需求而言的，自考虽然含金量比成考高一些，但是难度也比较大，成考有函授、业余和网络三种学习形式，比较简单一些，容易毕业。成考本科毕业证书也可以申请学士学位证书。