距离大胖和金刚那次的战斗已经过去五年了，在那次的战斗中基多拉的头骨被炸的粉碎，但没人知道有一点带有DNA的骨粉裹带着机械哥的质子尖啸的核心能力飘入了大海里，它随波漂流竟遇见了当初人类使用的氧气毁灭者，二者相互缠绕融合，基多拉dna的再生能力使其进化成了一个细胞后沉入海底，随着时间的推移又过了十年，当初的融合细胞竟已经进化成了完全体的帝斯特洛伊亚，基多拉的复仇意念与帝斯特洛伊亚的邪恶相互交织使的帝斯特洛伊亚原本的翅膀消失取而代之的则是基多拉那巨大黄金双翅，而帝斯特洛伊亚的尾巴也变成了基多拉的三个脑袋，它拥有着帝斯特洛伊亚和基多拉的全部能力以及机械哥斯拉的质子尖啸，与此同时在另一片平行时空里加美拉正在激战着邪神伊利斯，加美拉以一招爆裂拳终结了伊利斯，巨大的爆炸使的时空不稳定出现了一丝裂缝，而伊利斯的灵魂则被裂缝牵引吸入，在裂缝的那头基多拉与帝斯特洛伊亚融合的怪物感受到一股非常强烈的恶念，而基多拉与帝斯特洛伊亚融合的怪物的邪恶也在深深的吸引着伊利斯的灵魂，它们相互吸引共鸣迅速的接近中，终于二者相遇，伊利斯的灵魂附身进融合怪物，在三者的邪恶意识相互交织共鸣中融合怪物的后背又长出了四只伊利斯的触手，它拥有着伊利斯的复制的恐怖能力，随后融合怪物浮出大海来到陆地正式开始复仇，哥斯拉首先感受到这股不同寻常的力量，它立刻前来挑战，但融合怪物过于强大，哥斯拉艰难的招架，突然哥斯拉不幸被伊利斯的触手刺中，不禁受到重伤还被融合怪物复制了哥斯拉的原子吐息，融合怪物的四个触手放出了四发原子吐息而它的嘴里也喷出了一发质子尖啸三个尾巴上的龙个头一起发射了一发引力光线，面对这至强的攻击哥斯拉拼尽全力聚集体内的所有能量发射出一发原子吐息，二者的能量交汇产生了巨大的爆炸，爆炸中时空再次不稳出现一丝裂缝，与此同时另一片时空中加美拉正在沉睡，突然它感受到一丝奇怪的伊利斯的气息，顺着这丝若有若无的气息加美拉来到了一丝空间裂缝前，气息戛然而止，加美拉正在疑惑的时候，突然从裂缝里再次传来一丝伊利斯的气息，加美拉终于确认那古怪的气息是从裂缝里传出来的，于是它使用璇甲斩斩进了裂缝内，通过了裂缝它来到了一片陌生的世界，映入眼帘的也是它终于发现的气息主人是一头它从没见过的奇怪生物，与其交战的还有另一头怪兽，在感受到融合怪物无比邪恶的意念后，它很快就确定了敌友，加入战场与哥斯拉并肩战斗，但融合怪物太过强大二者联手战斗的仍很艰难，与此同时人类来到了地心世界，他们找到了金刚，讲明情况后希望金刚能够前去支援战斗，金刚站起来沉吟了数秒后，再次拿起了战斧大吼一声，它决定参战，在人类的帮助下金刚来到了战场，但面对连哥斯拉加美拉联手都不敌的对手，金刚怒吼连连却也无能无力，但三大巨兽相互配合勉强打伤融合怪物，但基多拉的再生能力让融合怪物迅速再生回复了伤势，面对如此场景三大巨兽与人类相互配合勉强全部退走，退走到一片暂时安全的地方后，天空忽然出现一个时空隧道，原来是加美拉世界的人为了找到加美拉通过他们的科学打开了平行世界的通道来到了这里，加美拉看出了金刚的短板，它一把抓住金刚在众人的惊呼中飞进了时空隧道，哥斯拉则朝着隧道一声大吼，金刚一路挣扎然在高空中却无可奈何，加美拉带着金刚一路飞到了加美拉墓穴，在这里金刚发现了一个先代加美拉龟壳，它发着光，金刚拿在手中用力甩了出去，龟壳立刻变成了一个极速旋转的光盘将远处的山峰削断后又飞了回来，金刚欣喜的拿在手里，加美拉突然从天而降朝着金刚就是一发等离子光球，情急之下金刚只能举起龟壳遮挡，没想到那等离子光球在触碰到龟壳的瞬间就被原路弹射了回去，金刚明白了原来这龟壳不禁能扔出去斩击还能反射光线类攻击，加美拉对着金刚大吼一声，金刚立刻明白了原来加美拉是要带着它来找武器强化自己，经过简单的加工金刚把龟壳做成了一面盾牌挽在手里，加美拉大吼一声抓着金刚再次飞进时空隧道回到了原来的世界，此时这个世界中融合怪物已经袭来哥斯拉正在艰难的抵挡，融合怪物的的三个龙头突然偷袭对着哥斯拉发出引力光线，金刚从半空中极速跳下来举起龟壳做的盾牌替哥斯拉挡住并将引力光线反弹了回去，而后金刚趁胜追击扔出盾牌削掉了融合怪物的一个龙头，哥斯拉看着眼前的金刚和它的盾牌又看了看远处的加美拉，它立刻明白了原来之前加美拉带走金刚是去取武器了，它错怪了加美拉，而融合怪物这边尾巴上的被削掉的龙头很快又重新长了出来，这个时候加美拉突然大吼一声飞到了高空之上，它开始聚集地球庞大的生命能量，它慢慢张开嘴能量在它的口中聚集成一个巨大的能量球，它发射出去如同行星一般砸向大地，而耗尽能量的加美拉则虚弱的坠落向大地，但让人惊讶的是巨大的能量球砸向的却是哥斯拉，惊愕中哥斯拉躲闪不及被砸个正中现场发生巨大的爆炸光幕，在场的人类和融合怪物一脸的不解，难道是加美拉耗尽了能量所以无力再去控制方向？？随后融合怪物大吼一声准备趁势发动总攻，但突然传来一声巨大的吼声，淹没哥斯拉的光幕渐渐退去，逐渐露出的是遍地的红光，哥斯拉已经变成了红莲形态，原来在刚才来的路上加美拉和握着加美拉勾玉的金刚一直在讨论如何对付融合怪物，金刚告诉加美拉他们的队友如果能获得巨大的能量则可以变成非常强大的红莲形态能将融合怪物粉碎的连一个细胞都不剩，或许这是个能赢的机会，在看到融合怪物变态的再生能力后，加美拉果断的牺牲自己全部的能量聚集地球庞大的生命能量，显然它赌赢了地球巨大的生命能量让哥斯拉直接变成了红莲形态，而且是比以往更加强大的红莲，红莲哥斯拉没有立刻去攻击融合怪物反而走到金刚身边一把抓走了金刚的斧子并且吞了下去，在金刚和人类疑惑的目光中持续片刻又吐了出来，但是金刚的斧子却变成了红色光芒，金刚疑惑的拿起随手一挥就是一道巨大的光刃斩波挥了出去，巨大的热能将远处被斩断的山头都融化成了岩浆，金刚下了一大跳，它看了看斧子发现斧柄出多了一块像红宝石般的东西，人类通过机器分析那是红莲哥斯拉的部分能量细胞核心，它能随时随地的吸收太阳光芒中的庞大核能使的这个斧头再也不用使用一次充一次电了，而那边从加美拉世界来的人类通过勾玉居然奇迹般的再次唤醒加美拉，至此三大巨兽站在一起一声大吼向融合怪物发出最后的决战，加美拉上来就是终极绝招飞到天空再次聚集一发巨大的能量弹直接炸碎融合怪物的半边身子，金刚用盾牌顶着光线跳起空中一斧劈出一道巨大的光刃斩断了融合怪物尾巴上的三个基多拉头颅，而红莲哥斯拉则通过从金刚处学来的翻滚式近身一把抱住了融合怪物零距离发动了红莲aoe将融合怪物轰炸的连渣都不剩，没有了一个细胞剩下融合怪物再也不能再生，此战终于结束了，大战落幕后，加美拉回来了自己的世界，哥斯拉则回到了海底，金刚也回到了地心世界……完！