萌百里有提到：
新篇情节架构的原型最初由虚渊玄提出，而据虚渊所说，自己原本只是构思了电视版剧情的延伸，此时新房昭之提出“可以让圆焰两人敌对”，因而才有了影片的结局部分。
这个貌似确实是没有给出出处。
然后我去翻了日文维基百科，里面有提到：
虚淵が最初に書いたプロットはテレビシリーズの結末の延長線上にある話にしかならず、虚淵が悩んだ時期もあったというが、新房が「まどかとほむらが敵対するのもあり」といった一言を口にしたことが突破口となり、構成案が固まったと虚淵は述べている
这句话是有引用资料的：
スポーツ報知『魔法少女まどか☆マギカ 特別号』(2013年11月15日) 22-23頁
我不懂日语，不过望文生义貌似还是对得上的。

是谣言

传闻是新房为了报复老虚又加上了，这到底是推锅还是真的就得去问他们本人了。虽然想看到好结局，但不得不说现在这个结局**更高些

这样说似乎并没有问题

这里可能有个细微的差别：
包括楼主我自己在内，很多人都觉得“老虚一开始只写到小圆把小焰接走就结束”。
实际上到底是不是这样？我现在看着日文连蒙带猜，感觉未必是这样，可能老虚一开始是压根就不太知道怎么写，就是在这个时候新房提了个“让圆焰敌对”的主意，于是老虚就文思泉涌了……
哎，现在我也不知道具体是咋回事。

老虚过后当作趣谈说，自己也表示新房的提议更好

现在谣言不是违法的么

是一个谣

极其喜欢《魔法少女小圆》中的角色美树沙耶加，甚至在沙耶加死亡回的录制前向虚渊玄询问沙耶加复活的可能性。不过被爱的战士残忍拒绝。结果在制作小圆剧场版的时候，本来剧本安排是由小圆接小焰作为结尾，但是新房要求加上了小焰成魔一段作为“报复”。——萌娘百科里搜新房昭之看到的

——小圆和小焰会变成对立关系好像也是新房总监督的提案呢
新房：一开始接到的虚渊先生的草案里，以被小圆带着的小焰最后升天作为最后的画面结束，但是我觉得仅仅这样不能算完吧。我觉得，小圆是天使的话，那么小焰就只能成为恶魔。只能成为恶魔这一点，是《Devilman（永井豪作品）》的想法类似。因为我是读着《Devilman》的时代的人，所以可能无法从这种想法之中脱离出去吧。我想对于结局的展开，能够接受的人和接受不了的人应该会分为两派吧。

具体创作过程没人知道真假，但是魔圆怪异黑暗的基调得跟新房有一半关系，可最后锅为什么都让老虚背了

老虚的原话。情节是大家开会讨论出来的，看最后一句话的话应该是新房的主意，不过具体的东西还是老虚写的。