那是被称为“神话时代”的遥远的过去，数码世界的部分数码兽们，经过漫长的竞争，终于成功进化为了究极体，他们也被称为“最初的究极体”。“最初的究极体”各自拥有独特的能力，他们的能力被其他数码兽继承，数码兽的种类也随之慢慢繁荣起来。
漫长的岁月过去，有一只数码兽从残酷的生存法则中脱颖而出，并最终成为了数码世界的支配者，镇守中央，其名为“黄龙兽”。他的四位手下，则作为“四圣兽”，分别守护数码世界的东南西北四方。
可黄龙是亦善亦恶的存在，兼具贤君与暴君的两重性，在他的统治下，世界动荡于和平与暴乱之间。在无尽的动乱之中，这个混沌的时期，光明兽降临了，他以绝对的力量与英知镇压了黄龙。由于带来了和平与秩序，他被数码兽们尊为“神之子”。
“神”为了维护世界的安定，而建立了神之序列，协助光明兽守护着中核圣域。
其中最强的“三大天使”作为“神之子”的左膀右臂。他们分别是贯彻神之法则的执行官「炽天使兽」、传达神慈爱和慈悲的圣母「座天使兽」、神和智的守护者「智天使兽」。为了防止独断专权，这每一项权柄又由三位天使共同执掌，彼此权衡，如此一来，总共就是九大天使。此外，他又令两位拉结尔兽拥有和座天使兽同样的地位，以其力量尽知全数码世界发生的事情，监视着整个世界。
失去统治的四圣兽开始争夺霸权，它们各自为政，四位君主在四方保持着均衡，每位君主都以三大帝魔管理着自己的子民。
某一日，光明兽查探到了吸血鬼之王大德的居所，率领着炽智座三大天使前往讨伐。可惜，纯真的男孩被大德诱惑，化身为光堕挑起了反叛战争，策划将世界破坏一次，继而创造一个崭新的新世界。炽智座三大天使也化身为究极魔、巴老爷子、莉莉丝追随堕落的主上，众多天使们纷纷堕天投奔了反叛军，死亡兽、毛莫兽等都在此列。
出于对同伴们堕天行为的怒火，一位炽天使兽染上恶意成为了黑炽天使兽，虽然还未到堕天的地步但据说离魔神兽仅一步之遥。位于极端「善」位置的一位智天使兽，让身体染成相反极端的「恶」，变成了智天使兽·恶。座天使兽失去了五位同僚，其中一位变得愤怒无比，将自己的心封闭起来，陷入发狂状态的模样，成了座天使兽·堕落形态，为了摘取邪恶之芽，不管对手是谁，只要判断为正义的弊害，她都会将其狩杀，打算构建出自己所认同的正义世界。为了防止其他天使型数码兽堕落，一位拉结尔兽以怀疑的目光监视所有天使型数码兽，如果发现开始堕落的天使型数码兽，会在完全堕落前将其击杀，但由于监视这种被疏远的工作，会让自己充满虚无感和陷入拒绝一切的思考中，这样的话她就成为不加以区分敌我双方，开始破坏行动的拉贵尔兽。
四圣兽沉迷于对自己领土的统治，依然在继续争斗之中，而仅存的炽智座拉四大天使揭起旗帜，毅然反抗堕落的敌军。可是与他们对抗的是曾经的主上与同僚，其他数码宝贝们对其并不信任，而仅凭神之序列的实力，还不是反叛军的对手。关键时刻，拉结尔兽展开头脑风暴，请出了最初的十位究极体数码兽，各地数码兽随之组成了义军。经过漫长的战斗，反叛军的行为被阻止了，而奋勇的十位究极体以生命为代价将光明兽堕落形态封印至黑暗区域的最深处，他们就是被称为拯救世界的英雄“十斗士”。

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