差异形成独特优势
由于香港、澳门与内地9市的巨大差异，粤港澳大湾区也形成了其独特优势。中国官方此前也明确，“三地有各自独特的优势，能够形成互补，否则就谈不上一个有世界竞争力的大湾区了”。香港的金融、澳门的旅游、深圳的高科技、东莞的制造业、广州的物流都具有明显优势。曹远征认为，如能将之整合，粤港澳大湾区在人口、经济总量上都将居于世界湾区首位。
中国国际经济交流中心首席研究员张燕生指出，以全社会研究和经费支出占GDP的比重为例，深圳的研发强度是4.13%，香港是0.73%，广州是2.6%。从这个意义上来看，在粤港澳大湾区中，最有创新活力的地方是深圳。但深圳在基础研究方面存在短板，而这正是香港的优势：香港有多所一流的大学，有一流的多层次资本市场和直接融资效率最高的现代金融。而且香港在现代服务方面，具有世界级的竞争优势。可以说深圳的短板正是香港的优势，香港的短板也是深圳等城市的优势所在。
这种优势互补还体现在区内其它城市，比如广州的商贸和服务业比较发达，包容性强，而佛山传统制造业最发达，草根经济占上风。张燕生指出，粤港澳大湾区下一步的核心问题就是解决三个问题，第一个是动能转换，第二个是结构转换，第三个是模式转换。
粤港澳大湾区2016年的进出口贸易额约1.7万亿美元，是东京湾区的3倍以上。
粤 港澳大湾区拥有世界金融中心香港，中国经贸中心广州和科创中心深圳，经济实力雄厚，同时，粤港澳大湾区经济具有开放的经济结构、高效的资源配置能力、强大的集聚外溢功能、发达的国际交往网络等突出的优点，发展潜力无限。
粤港澳大湾区总面积5.6万平方米，人口6956万，不到全国百分之一的面积，和全国5%的人口，换来了全国12%的GDP，这就是粤港澳大湾区的经济价值！
如果按照2018年预估的GDP总值来算，粤港澳大湾区每平方公里的GDP是2.14亿！这个数据，充分说明了粤港澳大湾区的经济质量是全国最高的！
在经济活跃、快速发展的同时，大湾区的人口集聚和流入势头也十分强劲。目前大湾区11城人口之和达到了6956.8万，接近7000万大关，是世界四大湾区中人口最多的。
其中，深圳、广州和佛山增长势头非常迅猛。广东省统计局4月发布的数据显示，2017年，广东常住人口总量继续位居全国之首，占全国人口的8.03％，比上年提高0.08个百分点。2017年末，广东常住人口11169万人，比上年增加170万人，增长1.55％，增幅同比提高0.17个百分点。人口密度每平方千米622人，为全国的4.29倍。
同时，常住人口进一步向珠三角中心城市集聚。广东省统计局数据显示，2017年末，广东常住人口区域分布总体格局没有发生改变。2017年，珠三角人口数量比上年增加152.05万人，增幅同比提高0.42个百分点，比同期全省常住人口增幅高出0.98个百分点。深圳、广州两个超级大城市的人口分别比上年净增61.99万人和45.49万人，位居全国第一、二位。两市常住人口增幅占同期全省以及珠三角常住人口增量的63.22％和89.44％。
珠三角，科技发展要素更全面，既有传统的制造业、服务业，更有强劲的高科技。近几年，仅珠三角9市的研发经费占比GDP就达约2.7%，已与美德同一水平线，深圳更是创造了一天55件发明专利的“新深圳速度”。