嘉靖三十五年进士及第，因县试府试院试乡试会试殿试皆为第一，被明世宗嘉靖誉为“三元天下有、六首世间无”，世人皆视为科举千年以降第一人，后世举子参加会试前“先拜孔子、后拜江南先生”的传统即源于此。
进士及第后授翰林院修撰，寻放苏州同知兼江南市舶司提举，后擢苏松巡抚仍兼市舶司，再迁国子监司业，寻选为裕王府讲官，与高拱、张居正辈善。时严嵩势大，默即与次辅徐阶共力去之。不久拔为祭酒兼左佥都御史。彻查锦衣卫都督陆炳暴毙案与宣大总督冒功案，后因救驾升詹事府少詹事兼翰林学士，寻授嘉议大夫、加资治尹，随即调礼部右侍郎兼翰林学士，后以礼部右侍郎衔领东南经略，事毕还朝，赐中奉大夫、政治卿。寻坐海瑞案，入狱一年。穆宗继位，即释帝师。后推为礼部尚书，寻领兵据俺靼于万全右卫，因功晋太子太保兼东阁大学士尚书礼部，入阁。

当穆宗时，内阁大学士高拱与首辅徐阶不善，互揭阴私。默与二人皆善，恰二辅相争，故皆默然。后因胡宗宪事，拱去阶而代之。时默为次辅，与拱相交莫逆，赞其才，故让其位，故拱得代首辅。后领兵督师九边，平蒙古、安西南，经略安南，晋太保兼谨身殿大学士。
万历初，内阁大学士张居正与内.宦冯保伪造遗诏私去高拱。默因中旨乱命故，杖杀冯保，收权与内阁，张居正虽有阴私，然先生惜其才，仍使之为内阁大学士，主持财税改革。拱去，默为首辅，多措并举，万历中兴。八年，沈默之父沈贺被刺杀，万历赠太傅，许其丁忧。暗里却命私军截杀，先生万般不由只得避祸海上。

万历崩，璐王觊皇位，百万官民迎沈太傅与海上，建元共和，共和十年沈默退相位。以上柱国太傅太师太保礼部尚书衔致仕，享双奉。
共和三十三年，沈默薨于琉球，赠少傅少师少保，追封贤国公，谥文正，配享孔庙，以国师礼葬之。

黑狗文成武德再造大明 可谥 忠武

不是万历年间首辅

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公年少有为，于经济、政治、文学、教育、思想等方面皆有杰出贡献，共和三十四年，经万民、参议二院商议决定，追赠公以“大明国父”，民间将公与太祖高皇帝与于忠肃公并称为“帝国三杰”。

此外，公有三子，长子谓士卿，次子谓志卿，皆为正妻殷氏所出，少子谓永卿，侧房所出。三子皆有大才，但公恐其去后，朝臣其认子为主，再现前朝之道，故放逐。经后人所考，马国、苏国、澳国原为三子所建，故又称公为“四国国父”