唐王复其旧职，负责联络建昌(今南城)兵，协助永宁王朱慈炎率领的数万义师，反攻建昌、抚州。光复建昌后，在收复金溪浒湾途中，遭到清军有预谋的伏击，曾亨应被执牺牲，揭重熙、傅鼎铨被迫折返福京求援，反而遭奸人陷害。后经大学士曾樱举荐，才得以考功员外郎兼兵科给事中，辅助大学士傅冠入湖东(今广东陆丰湖东镇)招募兵力。而此时泸溪(今资溪)告急，傅冠故意按兵不动，揭重熙悲愤激昂，唐王解除傅冠之职，将军权委于重熙。

隆武二年(西元1646年)农历4月，揭重熙任右佥都御史，取代刘广允巡抚河东。农历8月，明唐王朱聿键在汀州被清军袭击殉国，形势逼人，揭重熙被迫率部进入深山。
1646年3月，满清进犯福建，揭重熙力排众议，坚决抗击御辱，唐王将军事指挥全权授与揭重熙。揭重熙、傅鼎铨率兵主动出击，进入江西，江西人民纷纷响应，起义反清！接连恢复泸溪（资溪）、金溪等地，以功加封为都察院右佥都御史，代刘广允巡抚河东。隆武二年（西元1646年），清将博格率大批清军入寇，福京沦陷，唐王遇害殉国。揭重熙与参将潘风与清兵周旋于赣东闽西山区，时胜时败，后在光泽遭遇战中，潘风牺牲，揭重熙率部经赣南，途中血战，部队溃散，揭重熙只身潜回抚州，栖身于山区人民群众之中，待机起事。

永历元年(西元1647年)，揭重熙得知南昌总兵金声桓、副总兵王得仁及邵武守将郭天才等人赤心未泯，依然心怀中华，欲弃暗投明，将功赎罪。他克服重重困难，多方联络，共图复国大业，使金声桓等人晓谕民族大义，幡然醒悟，投身正义，反正抗清！

永历二年(西元1648年)农历3月，郭天才部失败，局势骤变！清廷随即又派谭泰、何洛等人加紧侵攻南昌，金声桓部被迫辗转江西各地，形势急转直下！农历11月，揭重熙、傅鼎铨十万火急千里赶往广东肇庆求救，日苦星劳，昼夜兼程赴粤，历尽千辛万苦，道路险阻，终于在广州见到了桂王朱由榔。血泣拜见求救。朱由榔也含泪慰劝，授揭重熙兵部尚书兼右副都御史，总督江西，赐尚方剑和“智、仁、勇、信、严”五镇敕印，同时授傅鼎铨兵部右侍郎。但奈何根本无饷可发，实在无兵可派，最终还是空手回赣。揭重熙、傅鼎铨沿途不断招募义勇，老部下张自勇、洪国玉等人闻风主动率众会合靠拢，队伍又壮大到几万人，然而南昌已被满清攻陷，金声桓、王得仁先后英勇捐躯。揭重熙只得率部队转战游击于宁都、石城等地。满清在南昌沦陷后又进行了惨无人道的南昌大屠杀。
永历三年(西元1649年)农历1月，揭重熙在归途中，惊闻金声桓等殁难，便召集其张自勇、洪国玉等旧部转战于闽赣山区。

永历四年（西元1650年），揭重熙联合广信曹大镐义军，在闽北奋战大败清兵，斩敌万余，乘胜又收复抚州，然而揭重熙也因奋不顾身在战斗中多次受伤，伤残累累。次年旌旗北指，向邵武进发，路遭偷袭，在崇安百丈石被清军包围，揭重熙奋勇杀敌，颈部中数箭，血染征袍犹挥刀力战，毙敌数十，失血过多力尽被执。清朝早就知道揭重熙的大名，崇安清兵守将曹天寿、县令殷应寅装模作样的用车子接揭重熙进城，假惺惺的殷勤招待，企图招降揭重熙，以瓦解广大人民群众勇于抵御外辱的抗清意志。揭重熙识破敌人的阴谋，义正辞严地怒斥汉奸卖国贼们，并绝食七日，抱以必死之心！清军又将他转移到恶劣的建宁监狱，以消磨他的意志。揭重熙在狱中作诗数百首示志，诗中充溢着炎黄尊严、民族大义和浩然正气。永历五年（西元1651年）十一月初三日（12月15日），揭重熙在建宁南街市口被杀害。临刑前，他欣然下车，整理衣冠，容表威仪，昂首南向，英勇就义，大义凛然，正气浩然，在场者无不声泪俱下，涕噎难语。