《墨子·明鬼下》曰：“故尚书夏书，其次商、周之书。” 《孔安国序》说：“以其上古之书，谓之《尚书》。” 尚通上，有“久远”之意。《孔壁本》中的《书序》：《汉书·艺文志》说：
《古文尚书》者，出孔子壁中。（汉）武帝末，鲁共王坏孔子宅，欲以广其宫，而得《古文尚书》及《礼记》、《论语》、《孝经》，凡数十篇，皆古字也。共王入其宅，闻鼓琴瑟钟磬之音，于是惧，乃止不坏。孔安国者，孔子后也，悉得其书，以考二十九篇，得多十六篇，安国献之。
孔子存在删《书》、序《书》的事实，即孔子曾整理《尚书》。　《史记·孔子世家》说孔子“上纪唐虞之际，下至秦缪，编次其事”，这个上下的断限，本身就已经说明孔子存在删《书》的问题，也就是说唐虞之前和秦缪之后的《书》孔子未收入。孔子之时《书》出现了缺失。相对于三代原有的大量《书》篇来说，孔子所能见到的《书》确实可以用缺失来形容。
《尚书》原有三千多篇，由孔子删定为百篇。孔安国《尚书序》曰：“先君孔子，生于周末，睹史籍之烦文，惧览之者不一，遂乃定礼乐，明旧章，删诗为三百篇，约史记而修春秋，赞易道以黜八索，述职方以除九丘；讨论坟典，断自唐虞，以下讫于周，芟夷烦乱，翦截浮辞，举其宏纲，撮其机要，足以垂世立教，典謨训诰誓命之文，凡百篇。”
《汉书·艺文志》也说：“故《书》之所起远矣，至孔子纂焉，上断于尧，下讫于秦，凡百篇，而为之序，言其作意。”
郑玄《书论》依《尚书纬》云：“孔子求书，得黄帝玄孙帝魁之书，迄于秦穆公，凡三千二百四十篇。断远取近，定可以为世法者百二十篇，以百二篇为《尚书》，十八篇为《中候》。”
《史记·伯夷列传》司马贞《索隐》的说法大致同于郑玄，其曰：“又《书纬》称孔子求得黄帝玄孙帝魁之书，迄秦穆公，凡三千三百三十篇，乃删以一百篇为《尚书》，十八篇为《中候》。”
《史记·孔子世家》所谓“孔子之时，周室微而礼乐废，诗书缺。追迹三代之礼，序书传，上纪唐虞之际，下至秦缪，编次其事”。
从公元前1046年武王灭商算起，到公元前771年西周灭亡，大约有274年的时间。在近三百年的时间里，先后有12位周王在位，分别是武王、成王、康王、昭王、穆王、共王、懿王、孝王、夷王、厉王、宣王、幽王。其中，成王时期，周公曾摄政七年。以《书序》所载《周书》篇目为例，武王时期的有10篇，康王时期有2篇，穆王时期有3篇。以《逸周书》为例，武王时期的有21篇，成王时期的有13篇，穆王时期4篇。如果将《尚书》和《逸周书》反映西周时期的篇目相加可得如下数字：武王时期的有3l篇，成王时期的有35篇，康王的有2篇，穆王时期的有7篇。而反映昭王、共王、懿王、孝王、夷王、厉王、宣王、幽王的竟无一篇，岂非咄咄怪事?记载周公事迹的《尚书》诸诰尽管并不完全，但它们成书于周初已为世所公认。岂有时代越后，而《书》反少，甚至没有的呢?
　　再看商代，《尚书序》所提到的《商书》共37篇。留存到今天的有17篇，但有10篇被认为是“伪古文”，即便是被认为真的7篇，其成书时间大多被拉后。而《尚书·多士》却说：“惟殷先人有册有典。”《墨子·贵义》也说：“昔者周公旦朝读《书》百篇。”这到底是怎么回事呢?
这即司马迁所说的“孔子之时，周室微而礼乐废，《诗》、《书》缺。”那么，是什么原因造成了大量的《书》失传呢?
　　夏、商 、周开国之际多雄主能臣，他们的诰、命、誓、训中凝炼了深沉的思想，是后世资治、行教的金科玉律，所以能够被后人不断学习、传抄。这也就是商汤、周文王、周武王、周公时期流传《书》篇尤多的原因。而一些较为平庸的君主，他们死后虽然也有大量《书》篇传世，但由于政绩平平，无人传抄整理，若干年后，竹简便逐渐腐朽了。再一个原因就是简册不易保存，当然这是一个次要原因。因为尽管竹简时间长了容易朽坏，但如果能被不断传抄的话，也还是能够流传下来的。
　　《书》缺失了一部分典籍是一个现实情况。
　　马王堆帛书《要》篇中记述孔子的话，说：“《尚书》多於（有学者认为於是错别字，即阙，同“缺”）矣，周易未失也。