邱祖率18名弟子在万里西行的过程中，向各族群众广泛传道，招收信徒。在行至今天的蒙古国西部科布多时，邱祖将弟子宋道安、李志常等留下，建立了全真道观，成立全真教的组织。邱祖不仅在精神层面宣扬全真之法，同时还身体力行的让人们了解教义。他沿途广施善事，在中亚的撒马尔罕等地，利用成吉思汗赐予自己的粮食熬粥施舍给饥民。邱祖所到之处，得到了各州县和行省文武官员的迎送，受到了热烈欢迎和隆重接待。
邱祖多次在成吉思汗的大帐内与他单独长谈，耶律楚材做记录。耶律楚材的记录，后被整理为《玄风庆会录》一书。在谈话的过程中，邱祖明知道成吉思汗急于了解长生之道，他却没有正面回答，而想到自己沿途所见蒙古军西征造成的残破景象，深感这与全真道的道旨极不相称，邱祖答复说：“修仙须修阴德，必须去暴止杀。您起兵灭西夏和金是符合天意民心的，但务须禁止残暴杀戮，才能使事业最后成功。”

邱祖回到燕京，驻太极宫尊为“大宗师”，被人们称之为“帝者之尊师，亦天下之教父”，受命掌管天下道门。成吉思汗曾遣使慰问邱祖，诏书中写道：“朕常念神仙，神仙毋忘朕也。”其对邱祖的信任之情可见一斑。
邱祖与成吉思汗的这段渊源得到了后世人们的大力推崇，世人特别是对邱祖的赞许极高。牟钟鉴教授评价说，“以宗教的社会安定功能而言，邱祖不仅是中国道教史上第一人，也是中国宗教史上第一人”，体现了“仁爱无私、尊道贵德、包容通和、坚毅忠勇”的高尚品质。而在史学界是这样对邱祖进行评价的：丘处机以超常的见识和巨大的人格魅力，感动成吉思汗，止杀救民，积无量功德。