公元627年，唐贞观初年，严因禅寺初建。
公元1020年，宋真宗天禧年神宗熙宁年间，洪名禅师修建阿育王舍利塔。
公元1378年，明洪武重建。1431年，明宣德六年，严因寺完工。
相传，明代朱元璋之女（也可能是侄女）因有罪，被贬严因寺修行悔罪，后因此改为“朱庵寺”。
新中国建立后，严因寺彻底毁于文革期间。
2011年因修建青烟威城铁的原因，严因寺遗址重现于人们的视野
2011年第三次全国文物普查期间，烟台市博物馆将位于市区南郊东珠岩村村西的严因寺遗址列入了重点考察范围。2011年7月，进行抢救性考古发掘，发掘面积2300余平方米。出土的遗物主要为瓷器、建筑构件及钱币。房基年代分别是宋元时期、明代和清代。2012年2月，YMG记者来到了严因寺遗址现场，发现大量石碑、碑座；碑身上“唐太宗贞观初年建立道场，登州府福山县岩因禅寺主持沙门僧进衍立石”等字样清晰可见。
明朝时期的一期块石碑保留完整，这块碑立于明宣德年间，字迹有些模糊，据考古研究，重建严因寺时立下石碑，在左下角处，比较明显的是“宁海卫舍人汤永昭”等字样 。碑文结尾处写有“明宣德六年岁次辛亥季冬腊月古淮常从书撰”,“登州府福山县岩因禅寺主持沙门僧进衍立石”,“领兵骠骑将军山东都指挥使信官卫公青助缘”。明宣德元年为公元1426年,由此推算宣德六年为公元1431年,该石碑距今已有579年的历史。