男性患者有生殖器疱疹后，潜伏期一般在3-14天，之后在男性包皮、龟头、冠状沟、阴茎、尿道口等处出现颗粒状丘疹。
患部可有瘙痒、疼痛、灼热感，随后长出成群的小丘疹、逐渐长大形成水疱，数日后演变成脓包、破溃后可见糜烂或溃疡面。
全身不适，少数患者可出现低热、头痛等症状，局部淋巴结肿大。复发患者症状轻，损害小，往往无全身症状。