不过这22年光景也很值得一书,995年,15岁的奥托三世开始亲政。他第一个计划就是要恢复罗马城的尊严,因为在罗马的教宗和贵族,太腐化了。他进入意大利,接受加冕。把叛乱者克雷森提乌处死。他恢复了元老院和执政官的制度,不过那个是安抚罗马百姓的方案。他实际上扩充了他在意大利的权利。他找来他得堂兄弟就任罗马教宗,师承额我略五世,也叫格里高利五世(奥托一世是此人的外祖父,其父是萨利安家族的卡林西亚公爵奥托一世,注意,是公爵奥托一世,不是皇帝奥托一世,是两个人)此人以前是宫廷牧师,就任罗马教宗当天,就给奥托三世加冕皇帝。西法兰克国王可不认为这个是正当的(估计我们也觉得有点过分)。西法兰克国王罗贝尔二世坚持自己可以任命主教,并且娶自己表妹为妻。被教宗绝罚而不得不离婚。997年,克雷森提乌二世为首反对派公开反对这种任人唯亲的方案,推举出了敌对教宗约翰十六世。很可惜,奥托三世果断平息了这件事情,抓回了逃亡的约翰十六世,处以酷刑(鼻子耳朵舌头被割下,眼睛弄瞎,手挑断,想想看真是群暴力的人)。推举这位教宗的人克莱申提乌斯兵败在圣天使堡自杀。
话说回来,额我略五世上台后,第一件事情就是改革教廷,把那些腐化堕落的意大利僧侣弄了出去,把教廷从深渊中挽救了,不过,他得错误就是让教廷太强大。以至于后世额我略七世居然敢公然对抗欺辱神圣罗马皇帝。对于神圣罗马帝国而言,这绝对是错误。999年,额我略五世去世,皇帝又任命西尔维斯特二世为教宗。
奥托三世在阿凡丁山上营建新宫殿,然后设计了一套管理措施,任命一个贵人、一名市长、一群法官。找来拜占庭帝国的查士丁尼法典作为法制依据,同时搬来了拜占庭式的任命仪式。不过他没活太久就死了。当他摆平了意大利时,北方的诸侯却得空休息,放纵,开始威胁他得皇位,不过就在意大利叛乱,北方诸侯蠢蠢欲动的节骨眼上,皇帝驾崩了。