金门、厦门之役
郑成功出征台湾之时，曾命其兄郑泰镇守金门，令洪旭、陈永华等人辅佐郑经镇守厦门。这时郑经21岁，娶了尚书唐显悦之女为妻。虽然有妻子、妾室，但郑经仍贪恋其四弟乳母陈氏的美貌，与其通奸，产下一子，并伪报此子是其侍妾所生。此事被其岳父唐显悦所知，唐显悦便以此责备郑成功“治家不正，安能治国”，而郑成功秉性刚强，知此消息后大怒，令其兄郑泰杀掉其妻董氏及郑经。但郑泰及诸将并不同意郑成功的决定，抗命不遵。
不久之后，郑成功在台湾逝世，黄昭、萧拱宸等人又以郑经“观世子所行，真不堪为人上”，拥郑成功之弟郑袭为东都主，抗拒郑经来台。消息传来，郑经以陈永华为谘议参军、周全斌为五军都督、冯锡范为侍卫整军备战，于永历十六年十月六日，由洪旭、郑泰以兵千余名配船，送其驶往台湾，周全斌率军于17日早晨趁大雾登岸，半日内便将黄昭、萧拱等人的“叛乱”平息，并从黄昭营内搜出了了郑泰的书信，上面写“扶袭据经，金厦他自为之”等语。郑经以此认为郑泰私通黄昭，拥立郑袭，随对郑泰起了杀意。
郑经随即率周全斌、陈永华、冯锡范等大队舟师回厦门，并置办酒席，将郑泰诱至厦门。在酒席上，郑泰被埋伏的士兵擒住，后被郑经处死。郑泰死后，其弟郑鸣骏、子郑缵绪便率所部的舟师入泉州降清。
郑鸣骏的降清给郑氏集团带来了沉重的打击，其总共带走了“大小船只共一百三十七只，伪文武官员四百三十一员，兵五千三百名，官兵之家口共一万一百三十名，盔甲两千副，大炮三百门，百子铜炮四百零三门。”郑鸣骏带走了大量的战船，并几乎卷走了金门、厦门的所有火炮，导致郑氏在金厦抵御清军的实力损失过半。居荷兰人Maurice Janzen Vis的观察，郑鸣骏降清后，郑军在厦门岛上只有四，五千人，既无炮台，也没有大炮。在金门岛上只有一百或一百五十人的兵力，同样也无大炮。
郑经的乱伦行为对郑氏政权危害极大，首先其引起了郑成功与郑泰等诸将的矛盾，在郑成功死后，郑经夺权后又将郑泰处死，导致郑鸣骏投降清廷。自此之后，郑清的实力此消彼长，清廷获得了大量战船和火炮，在泉州的水师提督马得功甚至将郑鸣骏的中军船换做自己的旗舰。原本处于劣势的清军水师，现在不用从外省调集兵力，只依靠本地各标的战船的和郑鸣骏的水师便获得了与郑军一战的资本。
除此之外，就在郑氏集团内的权力斗争正酣之时，一个比清廷更大的威胁正在逼近，那就是被郑成功从台湾驱逐出去的荷兰人。
康熙元年（1662年）七月初一日，荷兰派苗焦沙乌率12艘夹板船到达福州，准备与清廷结成联盟，共同进攻郑氏集团，其每艘船上的竖大纛旗，纛上书有“支援大清国”字样，在停泊之后，派出12人乘小船给福州的官员传递消息称：“我等系西洋荷兰人，奉我国王之命，率十二艘甲板船及兵丁，前来协助大清国征剿郑逆。”与荷兰人接头的清廷官员又问：“尔国与郑逆有何仇隙？因何前来助剿？”荷兰人回答说：“台湾系我荷兰国属地，因郑逆强占，故来请求共同剿灭。我王今派有大船，尚有致靖南王、总督、巡抚照会，请先准我船泊内海。”随后清军准其停泊于五虎门，荷兰人随即派人将照会送递给了靖南王耿继茂，照会上称：“西洋荷兰国中军苗焦沙乌等，向靖南王、李总督阁下叩首。自前次来文晓谕后，已深知老爷无不虑及剿除逆贼之意。为此，我等顾左右侍奉。海上虽险阻，亦在所不辞……”此后，荷兰人又在福建做了贸易，在贸易完成后，于康熙二年春返回，并同清廷达成协议，荷兰人将于明年五月派兵前来，同清军一同攻打郑氏集团。
康熙二年（1663年）七月二十八日，荷兰人派夹板船15艘到达福建，准备与清军共同进攻郑氏集团，并将咨文一封送交福建总督李率泰称：“西洋荷兰国出海王苗焦沙吾咨文韩总兵官。自春相别，转瞬秋至。想必安享大福。苗焦沙吾我等无所忧愁。去年来福建省，特助清国剿靖逆贼之事，王、总督早已具题。经月久侯，圣旨未降，故暂归国回话。今本国老王（荷兰舰队的司令博多）率夹板船十七只，復来福建省，戮力征剿郑逆。其火药、器械颇多，断无畏缩之意。于五月二十六日起航，七月二十七日夜方抵达，今泊于木须，特遣小船往告，请委员转报王、总督，方知夹板船已来也。再，将我户部军师甄老五遣至夹板船上，以叙离别之情，并无他意。”
得到荷兰人的帮助后，清廷如虎添翼，马上就进行了征伐金门厦门两岛的军事准备。十月，福建总督李率泰定议，调提督马得功督郑鸣骏等出泉州港，提督施琅同海澄公黄梧出海澄港，靖南王耿继茂同荷兰国红夷扎营于同安之刘五店，刻期渡海征伐金厦。
十月，福建总督李率泰定议，命提督马得功督郑鸣骏等水师出泉州港，提督施琅同海澄公黄梧率水师出海澄港，靖南王耿继茂负责与荷兰人协同，同荷兰人的15艘夹板船泊于同安刘五店，刻期出港会师，征伐金门、厦门二岛。
荷兰人的舰队于十八日出港，其中八只出泊在金门外港；另外七只则与提督马得功率领的四百余艘战船于十九日出港，航之金门乌沙头；清荷双方组成了一支由四百余艘战船组成的庞大舰队，其中荷兰人的夹板船最小的船只也配有大炮36门，如果在加上清军战船上的火炮，整个舰队拥有的火炮可能达千门之多，整个清荷联合舰队可以说是当时亚洲海域内最强的舰队。
同一天，郑经也率周全斌等在金门附近会师。与庞大的清荷联合舰队相比，郑军的舰队规模要少上许多，其舰队规模只有战船百余艘。虽然清荷联合舰队来势汹汹“其势甚锐”，但郑经企图消防其父郑成功在厦门破达素“悉空厦门，背城一战”的方法，与清荷军决战，随将眷口船停泊各岛屿，列舰队于大担，以为周全斌提供支援。
二十日清晨，郑经率“精锐巨舰”百余艘向清荷联合舰队发起进攻，但荷兰人的夹板船高大，横截中流，为清军藩蔽，郑军无法与夹板船相抗衡，也无法绕过夹板船攻击清军舰队，双方只能互相炮击，炮声自辰时至酉时相继不绝，逐渐清荷联军因其火炮众多，火力逐渐占据优势，郑经见众寡不敌，随趁涨潮之时，率其舰队乘潮撤回浯屿岛，而周全斌率领的13艘战船却因涨潮无法驶出，被围困在金门外港。
然而周全斌并未束手就擒，反而绕到荷兰舰队的后方，直接航向郑鸣骏的舰队。此时清荷联合舰队的阵型为中国传统的三叠阵，即荷兰人的15艘夹板船在舰队的最前方，为头叠；郑鸣骏及所部的郑氏降将紧跟在荷兰人之后，为二叠；提督马得功及所率的清军各标战船在舰队的最后方，为三叠。按此阵型的本意，三叠的舰队本该互相掩护、互相支援，但实际的执行中却出了岔子。
周全斌首先冲入了荷兰舰队与郑鸣骏舰队之间的空档，即头叠与二叠之间，提督马得功见此，立刻率领位于三叠的清军舰队赶来支援，并包围了周全斌的舰队，冲在最前方的就是马得功的座舰，也就是清军舰队的旗舰。此船本是郑鸣骏的中军船，可能因其性能要好于清军的战船，所以马得功选其作为自己的旗舰，但就是此举给他招来了杀身之祸。周全斌看见马得功的座舰后，错将此船认为是郑鸣骏的中军船，欲杀郑鸣骏为后快，遂率舰队涌向清军，其中将领吴朝津与亲军萧乘龙分别率两船前后夹攻马得功，并挥兵登上马得功的座舰，此时，清军舰队见主帅被围，本应立刻支援自己舰队的主帅。但是，清军舰队的反应却出乎意料，虽然有两百余艘帆船，却被郑军的七、八艘帆船冲的七零八落，四散而逃，躲在荷兰船只的旁边，还挡住了荷兰船上的大炮，赶去救援马得功的船只只有郑氏降将杨富，但无事于补，清军舰队的旗舰与杨富的座舰均被郑军掳获，清军舰队的总指挥官提督马得功连同船上的三百名铁甲精兵均被郑军击杀，只有杨富落水后被清军救起，侥幸逃过一劫。周全斌则在掳获清军二艘船只后顺利突出清荷联合舰队的重重围困，而自己却只损失了三艘帆船（俘获的两艘船被荷兰人抢回，自己有一艘船只搁浅）。
战后，荷兰舰队的指挥官博多（Balthasar Bort）对郑军的航海技术与作战能力给出了极高的评价，称其“拿出了士兵应有的优异表现”。而对清军则恶评连连：“这下我们即可看见满洲人多么懦弱，他们以这么一大支舰队面对敌军的七、八艘中式帆船，却连交火都不敢，只想躲在我们的大炮下报名，对自己的同伴也见死不救。实际上，他们抛下了自己的舰队司令马得功以及另一名高级指挥官，结果两人都因此遇害。我们一旦遇到紧急时刻，能够获得他们提供多少协助，由此就可知了。”
虽然在此次战斗中，郑军击杀了清军舰队的司令提督马得功，但对大局却于事无补。作为主力的荷兰人的夹板船仍完好无恙，清军虽损失了一个战功彪炳的战将，但战斗时施琅与黄梧等人躲在海澄港内不敢出战，保住性命，清军仍有水师将领可用。而且此战之前，郑经便已经准备好逃亡台湾，厦门也被搬空，只有少数人守城，二百六十艘搭载士兵妻、子、货物无武装的眷口船已经逃往外海，随时准备驶往台湾。
二十一日，荷兰舰队驶向浯屿，准备突袭郑军在此停泊的舰队，但郑军就像前一天一样，在此绕过荷兰舰队，直接驶往厦门，试图攻击登陆厦门的清军舰队，但荷兰人的回援迫使郑军放弃原来的计划，转而寻求自保。当荷兰人靠近时，郑军艺高胆大，直接在荷兰舰队中间穿了过去，依靠其战船低矮船身，避开荷兰人的侧舷火炮，打出一条通路。总数一百八十艘战船，竟只有三艘被俘，其他全部都安全逃回。
郑经率舰队逃走后，厦门、金门两岛及附近的岛屿孤立无援，陆续被清荷联军征服，岛上的房屋均被清军拆毁。在此次战役后，福建总督荷兰人的表现十分满意，并致信一封给荷兰舰队的司令官博多，信上写：“我在山顶上看你们的船只，见到那些猛烈的大炮打得他们落荒而逃，心中实在欣喜不已。……我会立刻以加急文书向皇帝呈报你们服事大清帝国的功劳，叙明荷兰人以英勇大胆的表现打击我们双方共同的敌人。”

荷兰舰队的司令官博多（Balthasar Bort）