实验流程主要由3个环节组成，即样品制备、桥式扩增及边合成边测序。
实验流程大概是片段化的DNA由于两端长度不齐，通过End Repair即末端补平反应使DNA末端为平端，然后再在末端添加碱基A，使之与接头序列上的T匹配，从而增加连接效率，然后经过比较低的PCR循环增加DNA分子数量。
Library通过变性后变成单链DNA，然后在cBot上复性，复性时与FC上的P5,P7互补，然后以FC上的P7为引物，进行延伸，然后再变性，将模板去除；在FC上合成的DNA分子两端均含有P5,P7互补序列，复性后，DNA弯曲与FC上P5互补，形状呈拱形桥状，然后以P5为引物延伸合成互补链，再变性，DNA分子由桥式弯曲状变为线性，如此循环扩增下去，大概35个循环，由1个DNA分子就变成了一簇DNA分子，即所谓的cluster.

这样扩增的目的是为了后续拍照，因为1个DNA分子的信号太弱，通过扩增可以将信号放大。一旦cluster簇生成结束以后，将FC取下来然后放置在测序仪上，接下来，就是介绍边合成边测序。
测序引物和DNA分子对应位置进行互补，然后在聚合酶的作用下将碱基一个一个的合成上去，但是合成过程不是那么的连续，需要化学合成一个碱基上去之后，进行拍照，由于4个不同碱基是同时在不同DNA分子上进行合成的，所以在判断这个碱基是ATCG哪种时，就需要拍照4次。加入DNA聚合酶和被荧光标记的dNTP和接头引物进行扩增，在每一个测序列簇延伸互补链时，每加入一个被荧光标记的dNTP就能释放出相应的荧光，测序仪通过捕获荧光信号，并通过计算机软件将光信号转化为测序峰，从获得待测片段的序列信息。