我来给你说说吧,我不但使用FreeBSD,也使用Linux(ubuntu,centos)
ports是FreeBSD的包管理系统(但使用的是源代码编译),类似与ubuntu的apt-get,centos的yum,但apt-get与yum都是二进制包。这点上还是有点区别,gentoo的源代码包和ports比较像吧,不过我没用过gentoo
关于命令,其实大多数命令是部外命令(也就是说是一个独立程序),和哪个系统无关。不过FreeBSD常用的命令是FreeBSD那群人写的(但也有部份使用的GNU的程序),Linux使用的命令是gnu的,这个不是什么大问题,比如同一个ls命令,不论是是BSD的还是GNU的命令,名字都一样,只是选项有些不一样,一般来说GNU的命令支持的选项要多些(像颜色支持之类)。
还有就是内部命令,这个与shell有关,像我比较喜欢C语言,所以常用csh,csh的脚本很像C语言。不过bash也挺有趣的。但两者在环境变量声明上有区别。
好像os x没有控制台,只有窗口化终端。(没具体用过os x,不是太清楚这个),但现在的linux还是freebsd,个人桌面使用,一般都是开图形界面,然后使用终端窗口了。所以在应用上也没什么太大差别。
花时间去选平台,不如多把shell学习一下,这个来得管用。