我也是只找到了县内总生产，http://www.esri.cao.go.jp/jp/sna/menu.html
各都市好像叫“域内总生产”也叫“市町民経済计算”，我没有找到汇总的统计数据，要是需要的话只能一个县一个县的去查了。毕竟县下边有直属的町，而不一定就都是市，所以似乎没有各都市汇总的统计数据。况且总务省和内阁府只统计到各都府道县，而各都府道县下边的市区町村是由各县自己统计的。所以很难找到全国的汇总数据。
这个是山口县的http://www.pref.yamaguchi.lg.jp/cms/a12500/sityoumin/
这个是京都府的http://www.pref.kyoto.jp/tokei/yearly/shicho/shichotop.html
和歌山县http://www.pref.wakayama.lg.jp/prefg/020300/kenmin/
兵库县https://web.pref.hyogo.lg.jp/ac08/ac08_2_000000004.html
佐贺县http://www.pref.saga.lg.jp/web/kensei/_1366/toukei/t-maitosi/_15638.html
奈良县http://www.pref.nara.jp/15808.htm
栃木县http://www.pref.tochigi.lg.jp/c04/pref/toukei/toukei/cgdp.html
实在需要的话只能一个县一个县的查了