关于windows系统的程序发布到linux系统下后的问题····

resp.setContentType("text/html;charset=utf-8");
PrintWriter pw = resp.getWriter();
pw.write("<script>");
pw.write("alert('后台正在运行中，请稍等...');");
pw.write("</script>");
pw.flush();
pw.close();
A a =new A();
a.doGet(req, resp);
如上代码，在windows系统下是先出消息框然后在去执行doGet方法，然而发布到linux系统下后要等doGet方法执行完毕后或者程序停止后在出现消息框 求高手解决···